Cet attentat aurait été réalisé dans deux buts distincts, le premier étant de tester le poison sur l'homme, le second étant d'éliminer un juge perçu par la secte comme un ennemi (7 morts, 200 blessés). Il est également accusé du meurtre d'un avocat et de sa famille qui avait dénoncé le caractère dangereux de la secte, ainsi que du lynchage de plusieurs membres de la secte. Enfin, il a été accusé de fabrication d'armes, d'attaques diverses au gaz VX et de construction d'un laboratoire en vue de fabriquer du gaz sarin.

Tout au long de son procès, il restera muet. Il n'a répondu à aucune des questions qui lui étaient posées durant ses interrogatoires et n'a pas plus communiqué avec ses douze avocats. En février 2004, au terme du procès qui a duré huit ans, il est condamné à la peine capitale par pendaison. Le 15 septembre 2006, son dernier recours est épuisé, la Cour suprême japonaise rejette l'examen de son ultime appel alors que ses défenseurs plaident le déséquilibre mental, un psychiatre ayant conclu que la folie de Shōkō Asahara est feinte.