Afin de choisir son affectation, il s'engage pour trois ans espérant ainsi perfectionner sa pratique photographique. S'attendant à un travail de routine, il est envoyé sur le terrain et accompagne les unités au cours de leurs opérations de manœuvre. Au quotidien, la mort l'accompagne ; il photographie des accidents, des suicidés et des morts au combat atrocement mutilés.

Démobilisé en 1964, il continue de pratiquer la photographie en solo. Il devient l'assistant d’un photographe indépendant dans la photographie commerciale et médicale à New York, jusqu'en 1974. La même année, il obtient sa licence d’art plastique à la Cooper Union.

En 1975, il quitte New York pour aller étudier la photographie à Albuquerque, au Nouveau-Mexique. Il étudie l'histoire de la photographie et l'histoire de l'art, puis achève sa maîtrise de photographie en 1976. Joel Peter Witkin puise son inspiration chez les grands maîtres du passé tel que Jérôme Bosch et Francisco Goya.

« Goya et Bosch, mes héros suprêmes, se sont transcendés à travers leur travail. Leur esprit vit toujours dans leurs réalisations. C’est pour moi le véritable but de l’art, mais peu de gens l’ont atteint. Voilà pourquoi je pense que l’art n’est pas fait pour la distraction, ni pour l’amusement, même s’il peut contenir parfois une dimension amusante. L’artiste se doit d’être aussi pur qu’un saint, son rôle est de sublimer notre conscience. La création est comme un acte de purification, une forme de sanctification. »